2008年选秀大会上，明尼苏达森林狼在次轮总第32顺位选择，来自于塞尔维亚联赛贝尔格莱德游击者队的中锋尼科拉佩科维奇。效力于游击者队期间，尼科拉佩科维奇作为球队内线的绝对核心。连续三年带领游击者队获得塞尔维亚联赛冠军，并且在2008年当选为MVP，被森林狼选中之后，尼科拉佩科维奇并没有选择前往明尼苏达报到，而是与希腊联赛的俱乐部帕纳辛奈科斯队签下3年价值450万欧元的合同，选择继续留在欧洲联赛。

2010年7月29日，明尼苏达森林狼队宣布以3年1296万美元的新秀合同签下尼科拉佩科维奇。

尼科拉佩科维奇效力森林狼

2010-2011赛季，初入联盟的尼科拉佩科维奇并没有受到森林狼教练组的重用，只能作为内线替补出战，并且需要和科斯塔库佛斯、达利米利西奇竞争出场时间，该赛季尼科拉佩科维奇代表森林狼出战65场常规赛，其中首发11场，场均出战13.6分钟贡献5.5分3篮板，森林狼以17胜65负排名西部垫底。

佩科维奇对位马克加索尔

2011-2012赛季，由于科斯塔库佛斯的离开。尼科拉佩科维奇的出场时间逐渐增多，随着常规赛进行，尼科拉佩科维奇的表现越来越稳定，佩科维奇逐渐的到森林狼教练组的重用，成为森林狼的首发中锋，该赛季尼科拉佩科维奇代表森林狼出战47场常规赛，其中首发35场，场均出战26.9分钟贡献13.9分7.4篮板，森林狼以26胜56负排名西部倒数第四。

佩科维奇背身单打

2012-2013赛季，尼科拉佩科维奇正式成为森林狼首发中锋，与凯文乐福搭档明尼苏达的内线，该赛季尼科拉佩科维奇代表森林狼出战62场常规赛，全部首发出场，场均出战31.6分钟贡献16.3分8.8篮板，职业生涯第一次当选为西部周最佳球员，森林狼以31胜51负排名西部倒数第四。

佩科维奇对阵小牛

2013年8月15日，明尼苏达森林狼队宣布以5年6000万美元的合同续约尼科拉佩科维奇。

森林狼续约佩科维奇

2013-2014赛季，尼科拉佩科维奇代表森林狼出战54场常规赛，全部首发出场，场均出战30.8分钟贡献17.5分8.7篮板，森林狼以40胜42负排名西部第十，无缘季后赛。

佩科维奇对位追梦格林

2014-2015赛季，随着球队核心凯文乐福的离开。森林狼迎来了安德鲁维金斯、安东尼本内特两位状元，球队迅速走上了重建之路，尼科拉佩科维奇作为队内为数不多的老将，承担起培养年轻人的重任，该赛季尼科拉佩科维奇代表森林狼出战31场常规赛，其中首发29场，场均出战26.3分钟贡献12.5分7.5篮板，赛季中期佩科维奇因为脚踝伤势赛季报销，森林狼以16胜66负排名西部垫底。

佩科维奇对阵篮网

2015-2016赛季，尼科拉佩科维奇受到伤病困扰，竞技状态大幅度下滑，志在重建的森林狼增加了年轻球员的出场时间，该赛季尼科拉佩科维奇代表森林狼出战12场常规赛，其中首发3场，场均出战13分钟贡献4.5分1.8篮板，森林狼以29胜53负排名西部倒数第三。

佩科维奇的最后一季

2017年6月21日，明尼苏达森林狼队正式宣布裁掉尼科拉佩科维奇，饱受伤病困扰的佩科维奇再也没有收到NBA的签约合同，从此这位强壮并且灵活的中锋彻底离开了NBA赛场。